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Das Methodenpraktikum vermittelt den Teilnehmern die Anwendung von
Routineauswertungen in der Bioinformatik, die von der Open-Source-Community entwickelt
wurden. Besonderes Augenmerk wird dabei auf das Workflow-System Nextflow gelegt, das
am High-Performance Cluster unseres Rechenzentrums installiert ist. Im Rahmen des
Praktikums haben die Teilnehmer die Möglichkeit, einen Workflow eigenständig anhand
eines Datensatzes eines modernen Sequenziergeräts auszuführen und die Unterschiede der
RNA Expressionsprofile mehrerer Proben mithilfe der Netzwerkanalyse-Umgebung
"Cytoscape" zu interpretieren. Darüber hinaus werden weiterführende Fragestellungen, die
sich aus den Ergebnissen ergeben, diskutiert und Möglichkeiten zur Rückführung ins Labor
zur Klärung dieser Fragestellungen erörtert.
The Methods Practicum provides participants with the application of routine
data analysis in the field of bioinformatics, developed by the open-source community. Special
emphasis is placed on the Nextflow workflow System, installed on our data centre
high-performance duster. As part of the practicum, participants have the opportunity to
independently execute a workflow using a dataset from a modern sequencing device and
Interpret the differences in RNA expression profiles of multiple samples using the network
analysis environment "Cytoscape." Additionally, further research questions arising from the
results will be discussed, and possibilities for returning to the laboratory to address these
questions will be explored. |
