Der Biogasbildungsprozess wird mikrobiologisch von fünf Bakterien und vier Archaeen dominiert. Diese Organismen zeigen mit speziell entwickelten fluoreszierenden Sonden mikroskopisch über Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH) und über eine quantitative real time PCR in Langzeitversuchen und in verschiedenen Prozessen unterschiedliche Abundanz. In sechs identischen Biogaslaborfermentern konnte gezeigt werden, dass das Intermediärprodukt Butyrat bei punktuellen und semikontinuierlichen Zugaben eine erhöhte Gasausbeute, jedoch keine Veränderung bezüglich der Häufigkeit der Organismen bewirkt.
