Zur Seitennavigation oder mit Tastenkombination für den accesskey-Taste und Taste 1 
Zum Seiteninhalt oder mit Tastenkombination für den accesskey und Taste 2 
Startseite    Anmelden     
Sommer 2024    Hilfe  Trennstrich  Sitemap  Trennstrich  Impressum  Trennstrich  Datenschutz  Trennstrich  node1  Trennstrich  Switch to english language
Studentisches Leben Veranstaltungen Einrichtungen Räume und Gebäude Personen Forschung

Herr Prof. Dr. Olaf Wolkenhauer

  • Funktionen:
    •    

Dienstadresse

E-Mail   Telefon +49 381 498 7570
Bibliothek Publikationen im Katalog der UB Rostock Publikationen im GBV-Katalog Catalogus Professorum Rostochiensum Link zum Catalogus Professorum Rostochiensum

Zuordnung zu Einrichtungen

Interdisziplinäre Fakultät (INF)
INF/Department: Leben, Licht & Materie
Fakultät für Informatik und Elektrotechnik (IEF)
IEF/Bereich Informatik
IEF/IN/IFI/Systembiologie und Bioinformatik

Funktion

Einrichtung Funktion von bis
Universität Rostock Mitglied des Konzils 01.10.2010 30.09.2012

Veranstaltungen

Vst.-Nr. Veranstaltungen Veranstaltungsart Semester
23120 BioSystems Modelling and Simulation (Systems Biology II) Übung SS 2024
23120 BioSystems Modelling and Simulation (Systems Biology II) Vorlesung SS 2024
30621 Resarch Seminar Systems Biology and Bioinformatics Seminar SS 2024

Forschungsprojekte

Laufzeit Titel Geldgeber/-in
01.03.2023 - 28.02.2027 OLCIR: TP C_Optimierung der Lungenkrebstherapie mit ionisierenden Strahlen Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.09.2023 - 31.08.2026 Lernen konvexer Datenräume für die Generierung synthetischer klinischer tabularer Daten DFG - Sachbeihilfen
01.05.2023 - 30.04.2025 Robust Explainable Controllable Standard for drug screening EU-Forschungsrahmenprogramm
01.02.2023 - 31.01.2025 MelAutim II Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.01.2023 - 31.12.2024 NIRP-Project 6 - MIM Firmen (Forschungsaufträge)
01.03.2022 - 29.02.2024 Novel diagnostic and therapeutic candidates for Gaucher disease and Parkinson´s phenotypes Firmen (Forschungsaufträge)
01.02.2021 - 30.06.2023 Intelligent Radiological Assistant: Reasonable IRA Europäischer Fonds für regionale Entwicklung (EFRE)
01.10.2019 - 31.01.2023 BMBF: e:Med - MelAutim- Systemmedizinische Untersuchung des Melanoms und Autoimmunkrankheit Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.01.2020 - 31.12.2022 MIM Projekt 4 Firmen (Forschungsaufträge)
01.01.2019 - 31.12.2022 A European standardization framework for data integration and data-driven in silico mod EU-Forschungsrahmenprogramm
01.10.2019 - 30.09.2022 BMBF: e:Med - SASKit - Seneszenz-assoziirtes System-Diagnose-Kit für Krebs und Schlaganfall Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.07.2020 - 30.06.2022 Spende für wissenschaftliche Tagung Spenden
01.10.2018 - 30.06.2022 iRhythmics/P4 - Systembiologische und bioinformatische Analysen sowie Pharmakophormodellierungen und Datenmanagement Europäischer Sozialfonds (ESF)
01.01.2018 - 31.05.2022 iPLACENTA: Innovation in modelling Placenta for Maternal and Fetal Health Europäische Union (EU)
01.11.2016 - 31.12.2021 Verbund de.NBI - Partner: Strukturierte Analysen und Integration von RNA-Seq. (Experimente) - de.STAIR Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.10.2018 - 30.09.2021 Methoden des maschinellen Lernens für die Klinik Firmen (Forschungsaufträge)
01.05.2018 - 30.09.2021 ERA CoBioTech Call 1: Bester - Bioprozesse für Produktion von Butylestern Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.02.2021 - 30.06.2021 Disease maps and modals around Lysomal Storage Diseases II Firmen (Forschungsaufträge)
15.11.2019 - 30.04.2020 MIM Project 5 Firmen (Forschungsaufträge)
01.11.2017 - 31.03.2020 Verbund GB-XMAP: Entwicklung einer Methodik zur Charakterisierung einer veränderten Genexpression Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.11.2017 - 31.01.2020 Verbund INCOME: Integrative, kollaborative Modellierung in der Systemmedizin (TP 3) Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.01.2019 - 31.12.2019 Traumeel interactome related to inflammation resolution Firmen (Forschungsaufträge)
01.04.2016 - 30.06.2019 e:Bio-Modul II-Verbund: MeIEVIR (TP B) Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.01.2016 - 30.06.2019 ERASysApp2-Verbund: SYSTERACT, Deutsches Teilprojekt B Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.07.2015 - 30.06.2019 Verbund COLLAR: Komplexe DNA-Läsionen und deren Bedeutung für die zelluläre Antwort nach Bestrahlung Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.04.2018 - 31.03.2019 Linking obesity, metabolic disorders and inflammation via metabolomics and epigenetics Öffentliche Drittmittel Ausland, nicht EU
01.04.2018 - 31.12.2018 Traumeel transcriptomics data integration into the MIM Firmen (Forschungsaufträge)
01.07.2017 - 30.06.2018 Nanoformulation von Dopamine- und L-DOPA-Curcumin zur Umkehrung DFG - Sachbeihilfen
15.10.2017 - 15.04.2018 Molecular Interaction Map (MIM) Sub-Project Firmen (Forschungsaufträge)
01.10.2008 - 30.09.2017 GRK 1505: WELISA (TP 7) Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG)
DFG - Graduiertenkolleg
01.03.2012 - 31.07.2017 e:Bio-Modul III - NWG: SEMS Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.11.2012 - 30.04.2017 Coordination Action Systems Medicine - Implementation of Systems Medicine Europäische Union (EU)
01.01.2013 - 31.08.2016 e:Bio-Modul I, Runde I: SysMet -System Biology of E2F Signaling Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.10.2011 - 30.09.2014 Modelle, Mechanismen, Komplexität zur Philosophie der Systembiologie DFG - Sachbeihilfen
01.04.2011 - 31.03.2014 GERONTOSYS-Verbund: Teilprojekt ROSage Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.05.2008 - 31.10.2013 Biodosimetrie: Ein systembiologischer Ansatz zur Strahlenbiodosimetrie Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.05.2010 - 30.09.2013 Systembiologie des Butanol produzierenden Clostridium acetobutylicum (TP) Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.01.2008 - 30.09.2013 NW2: Systems Biology of Cardiovascular and Neurodegenerative Disease processes Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.04.2010 - 30.06.2013 Verbund: SysMo2- Bacell-SysMo 2 Metabolismus in Bacillus subtilis Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.07.2008 - 30.06.2013 Forsys-NWG: Hierarchische Metabolismus Modellierung Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.09.2009 - 31.05.2013 FOR 1186 (PROMICS, TP 10): Investigation of photorespiratory metabolism by mathematical modelling DFG - Forschergruppen
DFG - Sachbeihilfen
01.05.2008 - 30.04.2013 The nonlinear dynamics of biochemical networks in pancreatic cancer Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.10.2006 - 31.03.2013 GRK 1387: dIEM oSiRiS (TP) DFG - Graduiertenkolleg
01.02.2009 - 30.09.2012 Analysis of microRNAs involved in malignant melanoma progression Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG)
DFG - Sachbeihilfen
01.04.2008 - 30.09.2012 Investigating the cancer and aging link through Systems Biology Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.08.2008 - 31.07.2010 Einfluss von Titanoberflächen auf angrenzende Biosysteme DFG - Sachbeihilfen
01.03.2007 - 31.05.2010 Systembiologischer Ansatz zur Untersuchung der Adaption von B. subtilis an Glukosehunger Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.03.2007 - 30.04.2010 SysMo: Aspekte der Transkriptionsphase von Clostridium acetobutylicum TEILPROJEKT zu 61430011 Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.12.2006 - 31.07.2009 SYSBIOMED Europäische Union (EU)
01.01.2006 - 30.06.2009 AMPKIN Drittmittel EU und sonstige internationale Organisationen
Europäische Union (EU)
01.11.2004 - 30.09.2008 SMP Protein: Dynamische Modellierung von Signal-Kaskadon Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
01.01.2005 - 31.03.2008 COSBICS Drittmittel EU und sonstige internationale Organisationen
Europäische Union (EU)

Publikationen

Publikationen einklappen Publikationen einklappen

2023
Exploring thiazolopyridine AV25R Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Logic-based modeling and drug repurposing for the prediction of novel therapeutic targets and combination regimens against E2F1-driven melanoma progression Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource

2022
Attention retrieval model for entity relation extraction from biological literature Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Cross-tissue transcriptome-wide association studies identify susceptibility genes shared between schizophrenia and inflammatory bowel disease Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Monitoring the maturation of the sarcomere network Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
A new perspective on teaching the natural exponential to engineering students Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
The prognostic and predictive role of xeroderma pigmentosum gene expression in Melanoma Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource

2019
Harmonizing semantic annotations for computational models in biology Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource

2018
Diagnostic potential of imaging flow cytometry Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Evolution of computational models in BioModels Database and the Physiome Model Repository Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Identifying frequent patterns in biochemical reaction networks: a workflow Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Impact of graphene-based nanomaterials (GBNMs) on the structural and functional conformations of hepcidin peptide Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Mathematical analysis of the influence of brain metabolism on the BOLD signal in Alzheimer's disease Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
MiR-205-5p and miR-342-3p cooperate in the repression of the E2F1 transcription factor in the context of anticancer chemotherapy resistance Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Model-based phenotypic signatures governing the dynamics of the stem and semi-differentiated cell populations in dysplastic colonic crypts Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
A network-based integrative workflow to unravel mechanisms underlying disease progression Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Elektronische Ressource
Quick tips for creating effective and impactful biological pathways using the Systems Biology Graphical Notation Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
A systematic survey of centrality measures for protein-protein interaction networks Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Unveiling network-based functional features through integration of gene expression into protein networks Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
A web platform for the network analysis of high-throughput data in melanoma and its use to investigate mechanisms of resistance to anti-PD1 immunotherapy Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Whither systems medicine? Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource

2017
Cardiac cell therapies for the treatment of acute myocardial infarction: a meta-analysis from mouse studies Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Cardiac function improvement and bone marrow response - outcome analysis of the randomized PERFECT phase III clinical trial of intramyocardial CD133+ application after myocardial infarction Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Comprehensive functional enrichment analysis of male infertility Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Customized workflow development and data modularization concepts for RNA-Sequencing and metatranscriptome experiments Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
(Epi)genetic inheritance in Schistosoma mansoni: a systems approach Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Identification of antineoplastic targets with systems approaches, using resveratrol as an in-depth case study Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Mammalian [gamma]2 AMPK regulates intrinsic heart rate Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
The RNA workbench: best practices for RNA and high-throughput sequencing bioinformatics in Galaxy Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Unraveling a tumor type-specific regulatory core underlying E2F1-mediated epithelial-mesenchymal transition to predict receptor protein signatures Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource

2016
An algorithm to detect and communicate the differences in computational models describing biological systems Zeitschriftenartikel Druckschrift
Autocrine TGF-b/ZEB/microRNA-200 signal transduction drives epithelial-mesenchymal transition Zeitschriftenartikel Druckschrift
COMODI Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Deciphering hallmark processes of aging from interaction networks Zeitschriftenartikel Druckschrift
Epigenetic factor EPC1 is a master regulator of DNA damage response by interacting with E2F1 to silence death and activate metastasis-related gene signatures Zeitschriftenartikel Druckschrift
Evolution of centrality measurements for the detection of essential proteins in biological networks Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
How modeling standards, software, and initiatives support reproducibility in systems biology and systems medicine Zeitschriftenartikel Druckschrift
MicroRNA and transcription factor gene regulatory network analysis reveals key regulatory elements associated with prostate cancer progression Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Network-assisted disease classification and biomarker discovery Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Elektronische Ressource
Personalized cancer immunotherapy using systems medicine approaches Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
The RNA world in the 21st century-a systems approach to finding non-coding keys to clinical questions Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Systems Medicine Monographie Elektronische Ressource
TRAPLINE Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Understanding microRNA-mediated gene regulatory networks through mathematical modelling Zeitschriftenartikel Druckschrift

2015
Analysis of complex behavior of stem cell populations in colonic crypts Zeitschriftenartikel Druckschrift
Annotation-based feature extraction from sets of SBML models Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Chk1 and Wee1 control genotoxic-stress induced G2-M arrest in melanoma cells Zeitschriftenartikel Druckschrift
Combining computational models, semantic annotations and simulation experiments in a graph database Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Dissecting long-term glucose metabolism identifies new susceptibility period for metabolic dysfunction in aged mice Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
An explicit numerical scheme to efficiently simulate molecular diffusion in environments with dynamically changing barriers Zeitschriftenartikel Druckschrift
MicroRNA-mRNA interactions in colorectal cancer and their role in tumor progression Zeitschriftenartikel Druckschrift
miR-638 promotes melanoma metastasis and protects melanoma cells from apoptosis and autophagy Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Naive Bayes classifier predicts functional microRNA target interactions in colorectal cancer Zeitschriftenartikel Druckschrift
Reduced adolescent-age spatial learning ability associated with elevated juvenile-age superoxide levels in complex I mouse mutants Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
The role of microRNAs in the resistance to colorectal cancer treatments Zeitschriftenartikel Druckschrift
Systems approach to the study of brain damage in the very preterm newborn Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Systems biology approaches in aging research Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Druckschrift
Tumor Protein P53 Inducible Nuclear Protein 2 is a tumour suppressor in melanoma Zeitschriftenartikel Druckschrift

2014
Accounting for randomness in measurement and sampling in studying cancer cell population dynamics Zeitschriftenartikel Druckschrift
Age-dependent effects of UCP2 deficiency on experimental acute pancreatitis in mice Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Annotation-based feature extraction from sets of SBML models Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Elektronische Ressource
Anti-inflammatory effects of reactive oxygen species Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Association of RHAMM with E2F1 promotes tumour cell extravasation by transcriptional up-regulation of fibronectin Zeitschriftenartikel Druckschrift
Coenzyme A-transferase-independent butyrate re-assimilation in Clostridium acetobutylicum-evidence from a mathematical model Zeitschriftenartikel Druckschrift
Cooperative gene regulation by microRNA pairs and their identification using a computational workflow Zeitschriftenartikel Druckschrift
Demografie und Biologie der Langlebigkeit Zeitschriftenartikel Druckschrift
E2F1 induces miR-224/452 expression to drive EMT through TXNIP downregulation Zeitschriftenartikel Druckschrift
Enabling multiscale modeling in systems medicine Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Glucose de-repression by yeast AMP-activated protein kinase SNF1 is controlled via at least two independent steps Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Hybrid modeling of the crosstalk between signaling and transcriptional networks using ordinary differential equations and multi-valued logic Zeitschriftenartikel Druckschrift
Inbred mouse strains reveal biomarkers that are pro-longevity, antilongevity or role switching Zeitschriftenartikel Druckschrift
miR-638 promotes melanoma metastasis and is repressed by transcription factor AP2-alpha Zeitschriftenartikel Druckschrift
miR-638 promotes melanoma metastasis and is repressed by transcription factor AP-2alpha Zeitschriftenartikel Druckschrift
Pushing limits by embracing complexity Zeitschriftenartikel Druckschrift
The systems biology of mitochondrial fission and fusion and implications for disease and aging Zeitschriftenartikel Druckschrift
Systems epidemiology: what's in a name? Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Tumors as chaotic attractors Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Why model? Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource

2013
Analysing the impact of nucleo-cytoplasmic shuttling of beta-catenin and its antagonists APC, Axin and GSK3 on Wnt/beta-catenin signalling Zeitschriftenartikel Druckschrift
Do simple models lead to generality in ecology? Zeitschriftenartikel Druckschrift
Encyclopedia of systems biology Sonstiges Druckschrift
Improving the reuse of computational models through version control Zeitschriftenartikel Druckschrift
Integrative modelling of pH-dependent enzyme activity and transcriptomic regulation of the acetone-butanol-ethanol fermentation of Clostridium acetobutylicum in continuous culture Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Kinetic modeling-based detection of genetic signatures that provide chemoresistance via the E2F1-p73/DNp73-miR-205 network Zeitschriftenartikel Druckschrift
MicroRNA cancer regulation Monographie Druckschrift
MicroRNA-regulated networks Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Druckschrift
Modelling molecular processes by individual-based simulations applied to actin polymerisation Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Elektronische Ressource
Phosphoglycerate mutases function as reverse regulated isoenzymes in Synechococcus elongatus PCC 7942 Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Regulation of cell cycle checkpoint kinase WEE1 by miR-195 in malignant melanoma Zeitschriftenartikel Druckschrift
Reverse Engineering of Biochemical Reaction Networks Using Co-evolution with Eng-Genes Zeitschriftenartikel Druckschrift
The road from systems biology to systems medicine Zeitschriftenartikel Druckschrift
The role of theory and modeling in medical research Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
The search for organizing principles as a cure against reductionism in systems medicine Zeitschriftenartikel Druckschrift
A shift in the dominant phenotype governs the pH-induced metabolic switch of clostridium acetobutylicumin phosphate-limited continuous cultures Zeitschriftenartikel Druckschrift
Simulations of stressosome activation emphasize allosteric interactions between RsbR and RsbT Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Systems biology and pediatric research Zeitschriftenartikel Druckschrift
A systems' biology approach to study microrna-mediated gene regulatory networks Zeitschriftenartikel Druckschrift
Tracing organizing principles: learning from the history of systems biology Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Web resources for microRNA research Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Druckschrift

2012
Analysis of cell adhesion during early stages of colon cancer based on an extended multi-valued logic approach Zeitschriftenartikel Druckschrift
Computational analysis of target hub gene repression regulated by multiple and cooperative miRNAs Zeitschriftenartikel Druckschrift
Diagrams as locality aids for explanation and model construction in cell biology Zeitschriftenartikel Druckschrift
Dynamics of a miRNA model with two delays Zeitschriftenartikel Druckschrift
A frequency-based gene selection method to identify robust biomarkers for radiation dose prediction Zeitschriftenartikel Druckschrift
Gene expression in low- and high-dose-irradiated human peripheral blood lymphocytes: possible applications for biodosimetry Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Insights into erlotinib action in pancreatic cancer cells using a combined experimental and mathematical approach Zeitschriftenartikel Druckschrift
Integration in action Zeitschriftenartikel Druckschrift
Mathematical modelling unravels regulatory mechanisms of interferon-γ-induced STAT1 serine-phosphorylation and MUC4 expression in pancreatic cancer cells Zeitschriftenartikel Druckschrift
Multi-compartmental modeling of SORLA's influence on amyloidogenic processing in Alzheimer's disease Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Nonlinear modelling of curvature by bi-linear metamodelling Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Parameter identifiability and sensitivity analysis predict targets for enhancement of STAT1 activity in pancreatic cancer and stellate cells Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Proteolysis of beta-galactosidase following SigmaB activation in Bacillus subtilis Zeitschriftenartikel Druckschrift
The role of theorem proving in systems biology Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource

2011
Agent-based simulation of molecular processes Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Druckschrift
Computational analysis and modeling the effectiveness of 'Zanamivir' targeting neuraminidase protein in pandemic H1N1 strains Zeitschriftenartikel Druckschrift
Identification of immunogenic consensus T-cell epitopes in globally distributed influenza-A H1N1 neuraminidase Zeitschriftenartikel Druckschrift
A mathematical analysis of nuclear intensity dynamics for Mig1-GFP under consideration of bleaching effects and background noise in Saccharomyces cerevisiae Zeitschriftenartikel Druckschrift
Minimum information about a simulation experiment (MIASE) Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Model-based investigation of the transcriptional activity of p53 and its feedback loop regulation via 14-3-3 Zeitschriftenartikel Druckschrift
A model-based strategy to investigate the role of microRNA regulation in cancer signalling networks Zeitschriftenartikel Druckschrift
Modeling of cellular processes: methods, data, and requirements Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Elektronische Ressource
Modeling the Calvin-Benson cycle Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Nucleo-cytoplasmic shuttling of APC can maximize -catenin/TCF concentration Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
A stem cell niche dominance theorem Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Studies on mechanisms of interferon-gamma action in pancreatic cancer using a data-driven and model-based approach Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
System approaches of Weiss and Bertalanffy and their relevance for systems biology today Zeitschriftenartikel Druckschrift
A systems biology approach to investigate the effect of pH-induced gene regulation on solvent production by Clostridium acetobutylicum in continuous culture Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Systems biology of JAK-STAT signalling in human malignancies Zeitschriftenartikel Druckschrift

2010
Baccoside a suppresses epileptic-like seizure Zeitschriftenartikel Druckschrift
Dynamical effects of epigenetic silencing of 14-3-3s expression Zeitschriftenartikel Druckschrift
Dynamic energy budget approaches for modelling organismal ageing Zeitschriftenartikel Druckschrift
Dynamics of microRNA regulation of cancer network Zeitschriftenartikel Druckschrift
How mathematical modelling elucidates signalling in Bacillus subtilis Zeitschriftenartikel Druckschrift
Integration of sensitivity and bifurcation analysis to detect critical processes in a model combining signalling and cell population dynamics Zeitschriftenartikel Druckschrift
Investigating dynamics of inhibitory and feedback loops in ERK signalling using power-law models Zeitschriftenartikel Druckschrift
Mathematical modelling of interferon-γ signalling in pancreatic stellate cells reflects and predicts the dynamics of STAT1 pathway activity Zeitschriftenartikel Druckschrift
Modellierung im Graduiertenkolleg Zeitschriftenartikel Druckschrift
The multikinase inhibitor Sorafenib displays significant antiproliferative effects and induces apoptosis via caspase 3, 7 and PARP in B- and T-lymphoblastic cells Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Non-coding RNA detection methods combined to improve usability, reproducibility and precision Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Stochastic approaches in systems biology Zeitschriftenartikel Druckschrift
Systems biologists seek fuller integration of systems biology approaches in new cancer research programs Zeitschriftenartikel Druckschrift
Systems biology to battle vascular disease Zeitschriftenartikel Druckschrift
Thresholds in transient dynamics of signal transduction pathways Zeitschriftenartikel Druckschrift

2009
Exploration of homodimer receptor Zeitschriftenartikel Druckschrift
Investigating the two-moment characterisation of subcellular biochemical networks Zeitschriftenartikel Druckschrift
A multi-level model accounting for the effects of JAK2-STAT5 signal modulation in erythropoiesis Zeitschriftenartikel Druckschrift
Report on EU - USA workshop: how systems biology can advance cancer research (27 October 2008) Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Role of inhibitory proteins as modulators of oscillations in NFkB signalling Zeitschriftenartikel Druckschrift
SysBioMed report Zeitschriftenartikel Druckschrift
Systems approaches in molecular and cell biology Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Druckschrift
Time delay and Epo dose modulation in a multilevel model for erythropoiesis Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Time delay and protein modulation analysis in a model of RNA silencing Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource

2008
Ein Beitrag zu einer Theorie lebender Zellen Zeitschriftenartikel Druckschrift
Clinico-pathologic function of cerebral ABC transporters Zeitschriftenartikel Druckschrift
Dynamic properties of a delayed protein cross talk model Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Dynamics of receptor and protein transducer homodimerisation Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
How quantitative measures unravel design principles in multi-stage phosphorylation cascades Zeitschriftenartikel Druckschrift
The role of dynamic stimulation pattern in the analysis of bistable intracellular networks Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
A system biology approach to understand functional activity of cell communication systems Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Druckschrift
Systems biology Monographie Druckschrift
Von der Notwendigkeit der mathematischen Modellierung in den Biowissenschaften Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Druckschrift

2007
2-DE profiling of GDNF overexpression-related proteome changes in differentiating ST14A rat progenitor cells Zeitschriftenartikel Druckschrift
An abstract cell model that describes the self-organization of cell function in living systems Zeitschriftenartikel Druckschrift
Approximations and their consequences for dynamic modelling of signal transduction pathways Zeitschriftenartikel Druckschrift
Bioinformatics analysis of interactions of receptor homodimers with intracellular protein homodimers Zeitschriftenartikel Druckschrift
Chaos in a delayed protein cross talk model with periodic forcing Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Coordination of crosstalk between MAPKPKC pathways: an exploratory study Zeitschriftenartikel Druckschrift
Defining systems biology: an engineering perspective Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Family tree of Markov models in systems biology Zeitschriftenartikel Druckschrift
Interpreting Rosen Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Intracellular delay limits cyclic changes in gene expression Zeitschriftenartikel Druckschrift
Investigation of dynamic behaviour of receptor tyrosine kinase and protein tyrosine phospatase reaction network using mathematical model Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
A plea for more theory on molecular biology Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes Druckschrift
PLMaddon: a power-law module for the Matlab SBToolbox Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Power-law models of signal transduction pathways Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Principal difference between stability and structural stability (robustness) as used in systems biology Zeitschriftenartikel Druckschrift
A quasi-linear algorithm to estimate steady-states in power-law models of biochemical networks Zeitschriftenartikel Druckschrift
Reduction of nonlinear dynamic systems with an application to signal transduction pathways Zeitschriftenartikel Druckschrift
SBML export interface for the systems biology toolbox for MATLAB Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Stability analysis of a time delay model for the JAK-STAT signaling pathway Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource

2006
Bioinformatics and the virtual cell Zeitschriftenartikel Druckschrift
Deterministic modelling and stochastic simulation of biochemical pathways using MATLAB Zeitschriftenartikel Druckschrift
Dynamics of biological systems Zeitschriftenartikel Druckschrift
Information technology in systems biology Zeitschriftenartikel Druckschrift
Perspectives of graph mining techniques Zeitschriftenartikel Druckschrift
Switching feedback mechanisms realize the dual role of MCIP in the regulation of calcineurin activity Zeitschriftenartikel Druckschrift

2005
Clustering of unevenly sampled gene expression time-series data Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Driver identification of the Ras/Raf/MEK/ERK signal transduction pathway Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
The dynamic systems approach to control and regulation of intracellular networks Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Feedback dynamics and cell function Zeitschriftenartikel Druckschrift
A fully Bayesian model to cluster gene-expression profiles Zeitschriftenartikel Druckschrift
A hybrid systems framework for cellular processes Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
Systembiologie des kanonischen Wnt-Signalweges Zeitschriftenartikel Druckschrift
A systems- and signal-oriented approach to intracellular dynamics Zeitschriftenartikel Elektronische Ressource
A unified framework for unraveling the functional interaction structure of a biomolecular network based on stimulus-response experimental data Zeitschriftenartikel Druckschrift

Abgeschlossene Promotionen

2022
Entwicklung genomischer Ressourcen und Werkzeuge für die Präzisionszucht von Zander durch Hochdurchsatz-Sequenzierung und computergestützte Genomik als Gutachter
Improved imbalanced classification through convex space learning als Betreuer und Gutachter

2021
Einfluss von Chemotherapie auf das Tumorwachstum und die metastatische Progression im Computermodell als Gutachter

2020
Customized Workflow Development and Omics Data Integration Concepts in Systems Medicine als Betreuer und Gutachter

2019
An integrative workflow to study large-scale biochemical networks als Betreuer und Gutachter

2018
Improving Reproducibility and Reuse of Modelling Results in the Life Sciences als Betreuer und Gutachter

2017
Mathematical Models for Alzheimer´s disease als Betreuer und Gutachter

2016
Computersimulation der metastatischen Progression und therapeutischer Interventionen als Gutachter

2015
An investigation of microRNA target regulation mechanisms using an integrative approach als Betreuer und Gutachter

2014
Compartmental Modelling of the Wnt Pathway: Elucidating the role of nucleo-cytoplasmic shuttling of β-catenin and ist antagonists als Betreuer und Gutachter
Das Konnektom der Basalganglien der Ratte als Gutachter
Investigating possibilities to predict milk phenotypes in Holstein Friesian cows based on a more complex model of the genotype-phenotype map als Betreuer und Gutachter
Transcriptional Responses to Radiation Exposure Facilitate the Discovery of Biomakers Functioning as Radiation Biodosimeters als Betreuer und Gutachter

2013
A Systems Biology Approach to Understand the Influence of SORLA on Amyloidogenic Processing in Alzheimer`s Disease als Betreuer und Gutachter
A Systems Biology Approach to Unravel the Cellular Function of MicroRNAs als Betreuer und Gutachter
Charakterisierung von Signalwegen in Bindegewebs- und Tumorzellen der Bauchspeicheldrüse mittels systembiologischer Methoden als Gutachter
Regulation of the General Stress Response of Bacillus subtilis als Betreuer und Gutachter

2011
A systems biology approach to dynamic modelling of the AMP-activated kinase pathway als Betreuer und Gutachter

2009
Stochastic Modelling of Subcellular Biochemical Systems als Betreuer und Gutachter

Abgeschlossene Habilitationen

2014
Investigating the Genotype-Phenotype Map: Statistical Bioinformatics and Systems Biological Approaches als Gutachter