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Publikation: Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes
Large-scale design space exploration of SSA
Grunddaten
Abstract
Autoren
Einrichtung
Grunddaten
Titel
Large-scale design space exploration of SSA
Veröffentlicht in
Computational methods in systems biology 6th international conference, CMSB 2008, Rostock, Germany, October 12 - 15, 2008: 6th international conference, CMSB 2008, Rostock, Germany, October 12 - 15, 2008 ; proceedings
Erscheinungsjahr
2008
Seiten (von – bis)
211 – 230
Jahr
2008
Publikationsform
Druckschrift
Publikationsart
Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes
Sprache
Englisch
Letzte Änderung
17.05.2019 14:07:45
Bearbeitungsstatus
durch UB Rostock abschließend validiert
Dauerhafte URL
http://purl.uni-rostock.de/fodb/pub/30917
Links zu Katalogen
Abstract
Stochastic simulation algorithms (SSA) are popular methods for the simulation of chemical reaction networks, so that various enhancements have been introduced and evaluated over the years. However, neither theoretical analysis nor empirical comparisons of single implementations suffice to capture the general performance of a method. This makes choosing an appropriate algorithm very hard for anyone who is not an expert in the field, especially if the system provides many alternative implementations. We argue that this problem can only be solved by thoroughly exploring the design spaces of such algorithms. This paper presents the results of an empirical study, which subsumes several thousand simulation runs. It aims at exploring the performance of different SSA implementations and comparing them to an approximation via t-Leaping, while using different event queues and random number generators.
Übergeordnete Publikation
Computational methods in systems biology: 6th international conference, CMSB 2008, Rostock, Germany, October 12 - 15, 2008: 6th international conference, CMSB 2008, Rostock, Germany, October 12 - 15, 2008 ; proceedings
Autoren
Jeschke, Matthias
Ewald, Roland
Einrichtung
IEF/Bereich Informatik