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Publikation: Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes
Parallel and distributed spatial simulation of chemical reactions
Grunddaten
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Abstract
Autoren
Einrichtung
Grunddaten
Titel
Parallel and distributed spatial simulation of chemical reactions
Veröffentlicht in
22nd Workshop on Principles of Advanced and Distributed Simulation, 2008 : PADS '08 ; 3 - 6 June 2008, Roma, Italy ; proceedings. - Piscataway, NJ : IEEE
Erscheinungsjahr
2008
Seiten (von – bis)
51 – 59
Jahr
2008
Publikationsform
Elektronische Ressource
Publikationsart
Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes
Sprache
Englisch
DOI
10.1109/PADS.2008.20
Letzte Änderung
17.05.2019 14:07:46
Bearbeitungsstatus
durch UB Rostock abschließend validiert
Dauerhafte URL
http://purl.uni-rostock.de/fodb/pub/30919
Links zu Katalogen
Abstract
The application of parallel and distributed simulation techniques is often limited by the amount of parallelism available in the model. This holds true for large-scale cell-biological simulations, a field that has emerged as data and knowledge concerning these systems increases and biologists call for tools to guide wet-lab experimentation. A promising approach to exploit parallelism in this domain is the integration of spatial aspects, which are often crucial to a model's validity. We describe a parallel and distributed variant of the Next-Subvolume Method (NSM), a method that augments the well-known Gillespie Stochastic Simulation Algorithm (SSA) with spatial features. We discuss requirements imposed by this application on a parallel discrete event simulation engine to achieve efficient execution, and conduct a thorough performance analysis in the context of a grid-inspired simulation system called Aurora.
Autoren
Jeschke, Matthias
Park, Alfred
Ewald, Roland
Fujimoto, Richard
Uhrmacher, Adelinde
Externe Links
Beschreibung
Link
Link zur Online-Ressource
http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?arnumber=4545325&isnumber=4545310
Link zur Online-Ressource
http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/PADS.2008.20
Einrichtung
IEF/Bereich Informatik