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Publikation: Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes

Parallel and distributed spatial simulation of chemical reactions


Grunddaten

Titel Parallel and distributed spatial simulation of chemical reactions
Veröffentlicht in 22nd Workshop on Principles of Advanced and Distributed Simulation, 2008 : PADS '08 ; 3 - 6 June 2008, Roma, Italy ; proceedings. - Piscataway, NJ : IEEE
Erscheinungsjahr 2008
Seiten (von – bis) 51 – 59
Jahr 2008
Publikationsform Elektronische Ressource
Publikationsart Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes
Sprache Englisch
DOI 10.1109/PADS.2008.20
Letzte Änderung 17.05.2019 14:07:46
Bearbeitungsstatus durch UB Rostock abschließend validiert
Dauerhafte URL http://purl.uni-rostock.de/fodb/pub/30919
Links zu Katalogen Diese Publikation in der Universitätsbibliographie Diese Publikation im GBV-Katalog

Abstract

The application of parallel and distributed simulation techniques is often limited by the amount of parallelism available in the model. This holds true for large-scale cell-biological simulations, a field that has emerged as data and knowledge concerning these systems increases and biologists call for tools to guide wet-lab experimentation. A promising approach to exploit parallelism in this domain is the integration of spatial aspects, which are often crucial to a model's validity. We describe a parallel and distributed variant of the Next-Subvolume Method (NSM), a method that augments the well-known Gillespie Stochastic Simulation Algorithm (SSA) with spatial features. We discuss requirements imposed by this application on a parallel discrete event simulation engine to achieve efficient execution, and conduct a thorough performance analysis in the context of a grid-inspired simulation system called Aurora.

Autoren

Jeschke, Matthias
Park, Alfred
Ewald, Roland
Fujimoto, Richard
Uhrmacher, Adelinde Link zur UB Rostock Link zum GBV-Katalog

Externe Links

Beschreibung Link
Link zur Online-Ressource http://ieeexplore.ieee.org/stamp/stamp.jsp?arnumber=4545325&isnumber=4545310
Link zur Online-Ressource http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/PADS.2008.20

Einrichtung

IEF/Bereich Informatik