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Publikation: Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes
Conceptional modeling and analysis of spatio-temporal processes in biomolecular systems
Grunddaten
Abstract
Autoren
Einrichtung
Grunddaten
Titel
Conceptional modeling and analysis of spatio-temporal processes in biomolecular systems
Veröffentlicht in
Conceptual modelling 2009 : proceedings of the Sixth Asia-Pacific Conference on Conceptual Modelling (APCCM 2009), Wellington, New Zealand, January 2009. - Sydney : Australian Computer Society
Erscheinungsjahr
2009
Seiten (von – bis)
39 – 48
Jahr
2009
Publikationsform
Druckschrift
Publikationsart
Teil einer Monographie/eines Konferenzbandes
Sprache
Englisch
Letzte Änderung
17.05.2019 16:32:07
Bearbeitungsstatus
durch UB Rostock abschließend validiert
Dauerhafte URL
http://purl.uni-rostock.de/fodb/pub/32479
Links zu Katalogen
Abstract
In life science, deeper understanding of biomolecular systems is acquired by computational modeling and analysis. For the modeling of several kinds of reaction networks, e.g. signaling pathways, information on intracellular space, like the locations and motions of molecules, has to be taken into account. In this paper, we introduce Labeled SpacePi, an extension of the pi-calculus, in order to model spatio-temporal processes in cells. The formalism is tailored to the available data and knowledge about biomolecular systems. For the analysis, we employ model checking techniques known from the field of safety-critical systems. To this end, we develop a translation of Labeled SpacePi models into hybrid automata. Two use cases - one considering the activation of a signaling pathway and the other one concerning active transport in cells - demonstrate our concept by making use of the established analysis tools HyTech and HySat.
Autoren
Schäfer, Andreas
John, Mathias
Einrichtung
IEF/Bereich Informatik